У византийских императоров была богатейшая коллекция греческих и римских книг, которой они очень дорожили. И когда турецкая армия завоевала Константинополь, Фома Палеолог – брат последнего византийского императора, – перебравшись в Рим, увёз с собой большую часть этого книжного богатства.
Вскоре Софья Палеолог, дочь Фомы, была просватана за русского царя Ивана III. После свадьбы Софья перевезла уникальную коллекцию из Рима в Москву, опасаясь, что «святые» отцы Ватикана приберут её к своим рукам.
В Москве Софья, беспокоясь о сохранности книг, заставила мужа начать постройку в Кремле подземных тайных хранилищ. Был вызван известный в те времена строитель Аристотель Фиоравенти, которому для видимости поручили постройку Успенского собора, Главным же его делом было сооружение этих подземных тайников.
О том, что эта библиотека существовала, свидетельствуют многие современники Ивана III, Василия III, Ивана Грозного. Наиболее интересно свидетельство писателя Максима Грека – одного из образованнейших людей того времени, специально выписанного в Москву Василием III для перевода церковных книг. Максим Грек утверждает, что другой такой богатой коллекции он не встречал ни в Италии, ни в Греции. А это были наиболее просвещенные страны того времени.
Позднее, когда Софья, сестра Петра, решилась повести борьбу за обладание престолом, она велела на всякий случай разведать подземные ходы Кремля. Посланный ею человек обнаружил в подземелье какие-то сундуки с книгами. Слухи дошли до Петра. Тот заинтересовался и приказал начать раскопки кремлёвских подземелий. Но довести их до конца не удалось и о книжных сокровищах забыли.
Лишь в начале XIX века историк профессор X. X. Дабелов обнаружил древний список книг. Предположили, что это лишь часть описи библиотеки Ивана Грозного.
Среди учёных разгорелся спор, который тянется и до наших дней. Одни считают, что библиотеки вообще никогда не было, другие утверждают, что была, что её обязательно надо найти.
После революции вновь были предприняты поиски. Но раскопки так и не принесли успеха. Руководивший раскопками И. М. Стеллецкий не потерял, однако, надежды. Он писал: «Загадка эта стоит перед нами, мы должны её разгадать и разгадаем».